Seharusnya misi kali ini tak ada bedanya dengan misi-misi sebelumnya.
USS John Paul Jones sekali lagi harus mengarungi laut lepas untuk
menjalankan tugas. Yang tak masuk perhitungan para awak kapal adalah
munculnya benda aneh yang menghadang jalur pelayaran kapal perang yang
dikomandani oleh Admiral Shane (Liam Neeson) ini. Benda berwujud aneh itu entah muncul dari mana.
Shinichi Kudo, seorang detektif SMA berusia 17 tahun yang biasanya membantu polisi memecahkan kasus, diserang oleh 2 anggota sindikat misterius ketika
sedang mengawasi sesuatu yg mencurigakan diantara mereka berdua saat
sedang jalan-jalan dengan Ran. Ia kemudian diberi minum racun misterius
yang baru selesai dikembangkan untuk membunuhnya. Namun, karena sebuah
efek samping yang jarang terjadi yang tidak diketahui anggota sindikat
tersebut, racun tersebut mengakibatkan tubuhnya mengecil seperti anak
kecil berusia tujuh tahun setelah mereka meninggalkannya.
